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“倭寇”是日本海盜的專稱，早在朱元璋統治的洪武時期，倭寇就長期在中國東南沿海地區騷擾。據統計，洪武年間有記載的倭寇入侵達44次之多，而且其中大部分集中在洪武十四年之前，平均每年超過兩次。為了解決這個問題，朱元璋可謂殫精竭慮，絞盡腦汁。

洪武元年，他派永嘉侯朱亮祖鎮守廣東，在沿海要地設置衛所，派兵防守，同時發國書給日本諸國（當時日本正處于分裂的“南北朝”時期）表達了自己希望與日本諸國建立睦鄰友好關系，一起消滅倭寇，共享太平之福的愿望。

但當時的日本幕府將軍足利義詮以“倭寇乃九洲海賊所為，日本政府根本就不知道”為由予以搪塞。洪武二年，著眼于長遠利益的朱元璋又派楊栽等七人出使日本，并親自寫了一封措辭嚴厲的信威脅“倭寇”。

接到信后，日本國的懷良親王大怒，斬殺明使五人，其他二人扣留，朱元璋的這一次交涉毫無成果可言。

洪武三年三月，不死心的朱元璋又派萊州府同知趙秩等再次出使日本。趙秩經過一番驚險的周旋和唇槍舌劍后，終于軟化了懷良親王的立場。懷良親王派和尚祖來捎帶了大量的貢馬和土特產向明朝“奉表稱臣”，而且還送還了七十多個被倭寇抓去的中國人。

朱元璋十分高興，在皇宮設宴款待日本來使，并賞賜了大量的財物。考慮到日本人普遍信仰佛教，朱元璋還派了八個和尚護送祖來回國。但是朱元璋對當時的日本缺乏最起碼的認識，他高估了懷良親王的影響力，懷良親王只是一個親王而不是國王，他的意志并不能代表整個日本國的意志。

那么當時最有勢力的日本國王是怎么想的呢？說來還真是湊巧，這位仁兄的想法正好與懷良親王相反，他并不認為跟中國交好是一件多么急切的事，于是兩國的交涉擱淺。

后來日本國也有一些零零散散的朝貢，但因為這些多是地方實力派官員貪圖大明朝的賞賜而搞的私人活動，沒有正規的表文和印信，所以朱元璋都不怎么搭理。洪武十三年，日使再次來貢，情況同前幾次一樣，也是沒有表文，但帶了一封日本征夷將軍源義滿的奉丞相書，文章寫得極其囂張，朱元璋看后很不開心，便拒絕了日本的朝貢。

洪武十四年日本再次來貢，朱元璋又一次推卻，并讓禮部寫了一封信，責備日本國王和他們的那個征夷將軍。日本不甘示弱，也回了一封極其強硬的信。朱元璋看了這封表文大怒，史載“帝得表慍甚”，但考慮到元朝兩次出征日本損兵折將的前車之鑒，朱元璋經過深思熟慮，沒有下決心東征日本。

不過這一件事后，朱元璋改變了以往企圖交好日本的策略，而改為在內部積極設防，在沿海各地加強防守和衛所建設等，盡量減少倭寇造成的損失。最后他以日本支持胡惟庸造反為由，于洪武二十年（1387年）果斷地斷絕了跟日本的往來。把日本列為“不庭之國”，永遠不準日本來中國貿易，并寫入了傳給后世子孫的《皇明祖訓》中。在這本《祖訓》中，日本還被列入了永不攻打的十五國之一。