原則：

1、如果是采用單一運輸工具，則按運輸工具不同來確定管轄法院。

2、如果是采取聯合運輸，根據具體情況，如與海事有關的，由海事法院管轄，與鐵路運輸有關，則由鐵路運輸法院管轄。

3、在聯合運輸中，如果同時存在水運和鐵路運輸的，可以由當事人選擇法院管轄。

管轄法院：

當事人因為運輸合同發生糾紛，可由運輸始發地、目的地或者被告住所地人民法院管轄進行管轄。運輸始發地、是指貨物運輸的發運地或者旅客乘運地。

目的地，是指貨物或者旅客到達地。同時有管轄權的人民法院不得無故推托，應當依法受理。對兩上以上有管轄權的人民法院，當事人只能選擇其中一個法院起訴，由最先受理的人法院審理。

另外，若當事人因上述運輸合同發生糾紛，經過雙方協商，可以自行解決，也可以向仲裁機構申請仲裁。